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Denis Thieffry

Biologie computationnelle des systèmes

Contexte


L’équipe combine deux approches interdisciplinaires pour construire des modèles prédictifs de réseaux de régulation moléculaires.
La première approche s’appuie sur le développement de la suite d’outils bioinformatiques RSAT (http://www.rsat.eu) pour l’analyse des données de génomique fonctionnelles (ChIP-seq, transcriptome) afin de caractériser les régions cis-régulatrices (promoteurs, enhancers) de l’expression des gènes, ainsi que leur effets.
La seconde approche s’appuie sur le développement du logiciel GINsim (http://www.ginsim.org) dédié à la modélisation et à l’analyse dynamique de grands réseaux de régulation et signalisation.
Ces développements méthodologiques sont motivés par et appliqués à l’analyse intégrative des réseaux de régulation contrôlant la spécification, la différenciation et la reprogrammation cellulaire chez les animaux, en particulier des cellules du système immunitaire, en collaboration étroite avec plusieurs équipes expérimentales.
Les outils et les modèles développés sont systématiquement mis à la disposition de la communauté scientifique.

Livre


Van Helden J, Toussaint A, Thieffry D (eds.). Bacterial Molecular Networks. Methods in Molecular Biology Series. Humana Press, (2012) 546 pages.

Articles

Di Stefano B*, Collombet S*, Jakobsen JS, Wierer M, Sardina JL, Lackner A, Stadhouders R, Segura-Morales C, Francesconi M, Limone F, Mann M, Porse B, Thieffry D, Graf T. C/EBPα creates elite cells for iPSC reprogramming by upregulating Klf4 and increasing the levels of Lsd1 and Brd4. Nature Cell Biology (2016) 18 : 371-81.

Medina-Rivera A, Defrance M, Sand O, Herrmann C, Castro-Mondragon JA, Delerce J, Jaeger S, Blanchet C, Vincens P, Caron C, Staines DM, Contreras-Moreira B, Artufel M, Charbonnier-Khamvongsa L, Hernandez C, Thieffry D, Thomas-Chollier M#, van Helden J#. RSAT 2015 : Regulatory Sequence Analysis Tools. Nucleic Acids Research (2015) 43 : W50-6.

Starick S*, Ibn-Salem J*, Jurk M*, Hernandez C, Love MI, Chung H, Vingron M, Thomas-Chollier M#, Meijsing SH#. ChIP-exo signal associated with DNA-binding motifs provide insights into the genomic binding of the glucocorticoid receptor and cooperating transcription factors. Genome Research (2015) 25 : 825-35.

Abou-Jaoudé W, Monteiro PT, Naldi A, Grandclaudon M, Soumelis V, Chaouiya C, Thieffry D. Model checking to assess T-helper cell plasticity. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (2015) 2 : 86.

Di Stefano B, Sardina JL, van Oevelen C, Collombet S, Kallin EM, Vicent GP, Lu J, Thieffry D, Beato M , Graf T. C/EBPa poises B cells for rapid reprogramming into induced pluripotent stem cells. Nature (2014) 506 : 235-239.




ChIP-exo signal covering ChIP-seq peaks allows to infer genomic binding (...)
ChIP-exo signal covering ChIP-seq peaks allows to infer genomic binding modes of cooperating transcription factors
Logical model for the main MAPK pathways (built with GINsim (...)
Logical model for the main MAPK pathways (built with GINsim software)
Molecular map for the main MAPK pathways (built with CellDesigner (...)
Molecular map for the main MAPK pathways (built with CellDesigner Software)