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Vincent Colot

Epigénétique et épigénomique chez la plante Arabidopsis

Objectif
Caractériser les processus épigénétiques et leur contribution à la variation phénotypique héritable chez les plantes.

Contexte

La chromatine est une structure extrêmement dynamique qui d’une part permet l’empaquetage de l’ADN dans le noyau des cellules eucaryotes et d’autre part contribue à réguler les différentes activités du génome. L’identification des mécanismes permettant d’établir, de maintenir ou d’effacer des états chromatiniens spécifiques est un enjeu fondamental en biologie.

Axes de recherche

Notre équipe étudie la contribution des processus épigénétiques à la variation phénotypique héritable chez la plante modèle Arabidopsis thaliana et la tomate. Plus précisément, nous étudions la dynamique de la méthylation de l’ADN au cours du cycle de vie de la plante et la transmission héréditaire des variations de profils de méthylation de l’ADN. Ainsi, nous nous attachons à comprendre comment les épimutations se produisent, ce qui conditionne leur transmission aux générations suivantes et leur impact phénotypique. Les éléments transposables et leurs reliques étant les cibles prépondérantes de la méthylation de l’ADN chez les plantes et étant très souvent impliqués dans la création d’allèles épimutables de gènes, un axe important de nos recherches concerne l’étude de la mobilisation des éléments transposables ainsi que des déterminants environnementaux et génétiques de son contrôle.

Chica, C., Louis, A., Roest Crollius, H., Colot, V., and Roudier, F. (2017). Comparative epigenomics in the Brassicaceae reveals two evolutionarily conserved modes of PRC2-mediated gene regulation.Genome Biol 18, 207.

Bouyer, D., Kramdi, A., Kassam, M., Heese, M., Schnittger, A., Roudier, F., and Colot, V. (2017). DNA methylation dynamics during early plant life. Genome Biol 18, 179.

Quadrana, L., and Colot, V. (2016). Plant Transgenerational Epigenetics. Annu Rev Genet 50, 467-491.

Quadrana, L., Bortolini Silveira, A., Mayhew, G.F., LeBlanc, C., Martienssen, R.A., Jeddeloh, J.A., and Colot, V. (2016). The Arabidopsis thaliana mobilome and its impact at the species level. Elife 5.

Willing, E. M., V. Rawat, T. Mandakova, F. Maumus, G. V. James, K. J. Nordstrom, C. Becker, N. Warthmann, C. Chica, B. Szarzynska, M. Zytnicki, M. C. Albani, C. Kiefer, S. Bergonzi, L. Castaings, J. L. Mateos, M. C. Berns, N. Bujdoso, T. Piofczyk, L. de Lorenzo, C. Barrero-Sicilia, I. Mateos, M. Piednoel, J. Hagmann, R. Chen-Min-Tao, R. Iglesias-Fernandez, S. C. Schuster, C. Alonso-Blanco, F. Roudier, P. Carbonero, J. Paz-Ares, S. J. Davis, A. Pecinka, H. Quesneville, V. Colot, M. A. Lysak, D. Weigel, G. Coupland & K. Schneeberger (2015) Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation. Nat Plants, 1, 14023.

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