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Plateforme Bioinformatique

Introduction

La plateforme de bioinformatique de l’IBENS a été créée en 2014. La plateforme propose des services d’analyse de données et d’illustration scientifique à des équipes de la communauté des sciences de la vie.

Les analyses de données font régulièrement suite aux analyses standards réalisées par la plateforme de séquençage de l’IBENS mais peuvent concerner des données produites sur d’autres sites. Ces analyses permettent de répondre à des besoins ponctuels en bioinformatique pour des équipes n’ayant de pas de telles ressources. La plateforme a également une activité d’illustration scientifique par la création et le développement de figures et d’illustrations sous diverses formes en vue de publier dans des journaux réputés ou pour tout exercice de communication scientifique.

Services

Analyses de données
Illustration scientifique
Séminaires bioinformatiques
Cluster de calcul

Analyses de données
La plateforme dispose de compétences d’analyses de données NGS. Les services qu’elle propose concerne des traitements qu’elle est en mesure de reproduire efficacement sur de nouvelles données pour un nouveau porteur de projets. Ces traitements sont :
- Contrôle qualité sur des fichiers de séquençage
- Mapping de fichiers de reads sur un génome/transcriptome
- Quantification de l’expression des gènes à partir d’un fichier de reads
- Analyse transcriptomique de différentiel d’expression
- Analyse d’enrichissement de pathways à partir de résultats de différentiel d’expression

Nous réalisons également des analyses plus avancées telles que :
- Analyse de motifs répétés dans un set de séquences
- Analyse de différentiel d’epissage
- Analyse de différentiel d’utilisation d’exons
- ...

Par ailleurs, la plateforme peut également travailler sur des projets plus exploratoires et par conséquent avec une moins grande fiabilité et garantie de résultat en accord avec le commanditaire.

Illustration scientifique
Une bonne communication scientifique repose grandement sur la présentation claire et précise des résultats. Cependant, il n’est pas toujours aisé de décrire des concepts compliqués sur le papier. Le service d’illustration scientifique de la plateforme de bioinformatique a été créé dans le but d’aider les chercheurs à réaliser des illustrations de qualité pour les papiers, demandes de financement ou présentations. Les services proposés sont les suivants :
- Représentation de données à partir d’idées, de données brutes ou de brouillons
- Schématisation de processus
- Création d’identité visuelle pour un labo, une équipe de recherche, un évènement, etc.
- Toute demande particulière liée au design graphique scientifique

Pour obtenir des résultats satisfaisants, nous associons une bonne connaissance de l’analyse de données, des notions de design ainsi qu’une part de créativité. N’hésitez pas à nous contacter pour toute demande concernant l’illustration scientifique.

Séminaires bioinformatiques
La platforme organise un jeudi sur deux un séminaire bioinformatique présentant un point technique, une nouvelle technologie, un algorithme, un logiciel, etc. On trouve la liste des séminaires passés et à venir en suivant ce lien.

Cluster de calcul : bioclust
Bioclust est le cluster de calcul interne à l’IBENS, il est géré par la platforme de bioinformatique. Actuellement, il rassemble 37 noeuds pour un total de 536 CPUs et une capacité en mémoire d’environ 3.2To. Le scheduler Condor qui lui est associé permet l’exécution de jobs en utilisant le large éventail de logiciels installés.

Collaborations

Nous travaillons avec des équipes issues de différents instituts (Collège de France, Hopital St-Louis, ESPCI, etc.) et nous invitons des porteurs de projets issus d’autres instituts à nous contacter.