Joseph Lucas
Travail actuel - En cours de doctorat :
Recherche des vestiges de génomes ancestraux par comparaison informatique de génomes de vertébrés modernes séquencés. Validation des caractéristiques ancestrales reconstruites par des simulations dont le réalisme est quantifié.
– développement de PhylDiag, un logiciel qui retrouve les segments de chromosomes ancestraux n’ayant pas subi de réarrangements chromosomiques (blocks de synténie) à partir de la comparaison de l’ordre des gènes dans les génomes modernes.
– développement de MagSimus, un simulateur réaliste de l’évolution de l’ordre des gènes chez les vertébrés.
– mise en place d’une librairie informatique coopérative pour le partage et la pérennité des développements logiciels en python au sein de l’équipe DYOGEN.
Formation
– Depuis 2012 - Doctorant à l’IBENS sous la tutelle de l’École Doctorale 515 "Complexité du Vivant" UPMC
– 2010 - 2011 - Master recherche Centrale Paris génie-biologique
– 2008 - 2010 - Ingénieur Centrale Nantes option informatique
Articles :
Lucas, J. M., Muffato, M., & Crollius, H. R. (2014). PhylDiag : identifying complex synteny blocks that include tandem duplications using phylogenetic gene trees. BMC Bioinformatics, 15(268), 1–15. doi:10.1186/1471-2105-15-268
Contact :
Tél : 01 44 32 23 73
EMail
