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Centre de Biologie Computationnelle (CBC)

colloquium

PRESENTATION OF THE COMPUTATIONAL BIOLOGY CENTER OF IBENS
January 24th, 2019
9:00 - 12:00
Salle Favard - 46, rue d’Ulm 75005 Paris

What is it about ?
The aim of this colloquium is to present a brief, one shot overview of the research being performed in computational biology at the Biology department of the ENS Ulm Campus, aka at the Computational Biology Center of IBENS.

Who should attend ?
It is opened to everyone and will be of particular interest to students at any level, post doc and scientists, in biology, computer science, applied mathematic and biophysic. 15 min + 5 min questions will be devoted to each of the 6 research teams of the center along with a brief overview of onsite related platforms.

Program
09:00 - 09:10 Opening session - Introduction
09:10 - 09:30 Modeling Biodiversity - H. Morlon
09:30 - 09:50 Eco-Evolutionary Mathematics - S. De Monte/ R. Ferriere
09:50 - 10:10 Computational Bioimaging & Deep learning - A. Genovesio
10:10 - 10:30 Platforms (Genomic, IT, Bioinformatics)
10:30 - 10:50 Coffee break
10:50 - 11:10 Genome Organization and Dynamics - H. Roest Crollius
11:10 - 11:30 Computational systems biology - D. Thieffry/M. Thomas-Chollier
11:30 - 11:50 Applied Mathematics and Computational biology - D. Holcman
11:50 - 12:00 Concluding remarks


L’IBENS soutient une recherche à vocation interdisciplinaire, combinant les techniques à haut-débit avec la biologie systémique et quantitative. Ce type de recherche implique la production et l’analyse automatisée de grandes quantités de données ainsi que le développement de méthodes et de modèles mathématiques. Ces modèles ont alors vocation à être validés en collaboration avec des équipes expérimentales.

Le Centre de Biologie Computationnelle de l’IBENS (CBC) vise à renforcer les synergies entre équipes et plateformes actives en biologie computationnelle à l’IBENS, ainsi que la visibilité de cet axe transversal au sein de l’Institut et au niveau national. Il fédère actuellement trois plateformes et cinq équipes de recherche en bioinformatique, modélisation des systèmes biologiques et bio-imagerie.

Outre des collaborations scientifiques entre membres du CBC, des animations sont proposées :

- Club Bioinformatique
- Club Machine Learning
- Séminaires scientifiques
- Listes de diffusion
- Organisation de symposia
- Ateliers de formation continue

Le CBC a aussi vocation d’interface avec l’enseignement de la biologie computationnelle, par une implication de ses membres dans la formation initiale à l’ENS, l’accueil de stagiaires et apprentis, la formation doctorale, et une participation active à la formation continue à l’IBENS et en France.

Le Centre de Biologie Computationnelle de l’IBENS développe de nombreux outils :

OutilÉquipe
AGORA Hugues Roest Crollius
Aozan Plateforme Génomique
BioNewMetrics David Holcam
Eoulsan Plateforme Génomique
EXOGEAN Hugues Roest Crollius
Genomicus Hugues Roest Crollius
GINsim Denis Thieffry
mvMORPH Hélène Morlon
PhylDiag Hugues Roest Crollius
REGULUS Hugues Roest Crollius
RPANDA Hélène Morlon
RSAT Denis Thieffry
ToulligQC Plateforme Génomique
Ulm Régis Ferrière / Sylvia De Monte
Zen Régis Ferrière / Sylvia De Monte