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Denis Thieffry

Biologie computationnelle des systèmes

Cette équipe fait partie du Centre de Biologie Computationnelle.

Contexte


L’équipe combine deux approches interdisciplinaires pour construire des modèles prédictifs de réseaux de régulation moléculaires.
La première approche s’appuie sur le développement de la suite d’outils bioinformatiques RSAT (http://www.rsat.eu) pour l’analyse des données de génomique fonctionnelles (ChIP-seq, transcriptome) afin de caractériser les régions cis-régulatrices (promoteurs, enhancers) de l’expression des gènes, ainsi que leur effets.
La seconde approche s’appuie sur le développement du logiciel GINsim (http://www.ginsim.org) dédié à la modélisation et à l’analyse dynamique de grands réseaux de régulation et signalisation.
Ces développements méthodologiques sont motivés par et appliqués à l’analyse intégrative des réseaux de régulation contrôlant la spécification, la différenciation et la reprogrammation cellulaire chez les animaux, en particulier des cellules du système immunitaire, en collaboration étroite avec plusieurs équipes expérimentales.
Les outils et les modèles développés sont systématiquement mis à la disposition de la communauté scientifique.

Livre


Van Helden J, Toussaint A, Thieffry D (eds.). Bacterial Molecular Networks. Methods in Molecular Biology Series. Humana Press, (2012) 546 pages.

Articles

Nga Thi Thuy Nguyen NT, Contreras-Moreira B, Castro-Mondragon JA, Santana-Garcia W, Ossio R, Robles-Espinoza CD, Bahin M, Collombet S, Vincens P, Thieffry D, van Helden J*, Medina-Rivera A*, Thomas-Chollier M*. RSAT 2018 : Regulatory Sequence Analysis Tools 20th Anniversary. Nucleic Acids Research (2018) 46 : W209-14.

Sardina JL*, Collombet S*, Tian TV, Gómez A, Di Stefano B, Berenguer C, Brumbaugh J, Stadhouders R, Segura-Morales C, Gut M, Gut IG,Heath S, Aranda S, Di Croce L, Hochedlinger K, Thieffry D and Graf T. Transcription factors drive Tet2-mediated enhancer demethylation to reprogram cell fate. Cell Stem Cell (2018) 23 : 727-41.

Collombet S, van Oevelen C, Sardina Ortega JL, Abou-Jaoudé W, Di Stefano B, Thomas-Chollier M, Graf T, Thieffry D. Logical modeling of lymphoid and myeloid cell specification and transdifferentiation. PNAS (2017) 14:23 5792–5799.

Di Stefano B*, Collombet S*, Jakobsen JS, Wierer M, Sardina JL, Lackner A, Stadhouders R, Segura-Morales C, Francesconi M, Limone F, Mann M, Porse B, Thieffry D, Graf T. C/EBPα creates elite cells for iPSC reprogramming by upregulating Klf4 and increasing the levels of Lsd1 and Brd4. Nature Cell Biology (2016) 18 : 371-81.

Medina-Rivera A, Defrance M, Sand O, Herrmann C, Castro-Mondragon JA, Delerce J, Jaeger S, Blanchet C, Vincens P, Caron C, Staines DM, Contreras-Moreira B, Artufel M, Charbonnier-Khamvongsa L, Hernandez C, Thieffry D, Thomas-Chollier M#, van Helden J#. RSAT 2015 : Regulatory Sequence Analysis Tools. Nucleic Acids Research (2015) 43 : W50-6.




ChIP-exo signal covering ChIP-seq peaks allows to infer genomic binding (...)
ChIP-exo signal covering ChIP-seq peaks allows to infer genomic binding modes of cooperating transcription factors
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Molecular map for the main MAPK pathways (built with CellDesigner Software)
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Logical model for the lymphoid and myeloid cell specification and transdifferentiation (built with GINsim software)