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Auguste Genovesio

Bio-imagerie Computationnelle
et Bioinformatique

Cette équipe fait partie du Centre de Biologie Computationnelle.

Le projet de recherche de notre équipe est l’étude de la morphologie et de la dynamique cellulaires à grande échelle. Nous nous intéressons notamment à caractériser l’hétérogénéité morphologique des réponses cellulaires aux perturbations. Nous travaillons également à l’identification de facteurs mécaniques ou moléculaires de la morphologie, de l’organisation et de l’activité cellulaires. Dans cette optique, nous tentons d’une part de générer de nouvelles sources d’informations à grande échelle telles que de larges jeux d’images ou d’expression génique. D’autre part, nous interprétons ces grandes données pour produire et valider des modèles prédictifs. Parce que l’échelle des données ainsi produites nous contraint à des approches exclusivement automatisées et quantitatives, nous mettons au point des algorithmes et des outils d’analyse de grandes données d’images et NGS. Les membres de notre équipe regroupent un panel de compétences variées telles que l’informatique, les mathématiques appliquées, la biophysique et l’analyse génomique. Nous appliquons nos approches à des questions développées de manière autonome comme la compréhension de l’action de composés à visée thérapeutique avec le concours de nos collaborateurs de l’Institut Curie et de l’industrie pharmaceutique. Nous les appliquons également à des questions de biologie fondamentale grâce à une interaction forte avec nos collaborateurs de l’IBENS, du Collège de France et de l’ESPCI : notamment en génomique fonctionnelle, en biologie du développement ou en neuroscience.

Sélection de publications récentes

In vivo large-scale analysis of Drosophila neuronal calcium traces by automated tracking of single somata
F Delestro, L Scheunemann, M Pedrezzani, P Tchenio, T Preat, A Genovesio
2020, Scientific Reports

Artificially decreasing cortical tension generates aneuploidy in mouse oocytes
I Bennabi, F Crozet, E Nikalayevich, A Chaigne, G Letort, M Manil-Ségalen, C Campillo, C Cadart, A Othmani, R Attia, A Genovesio, M-H Verlhac, M-E Terret
2020, Nature communications

Active Fluctuations of the Nuclear Envelope Shape the Transcriptional Dynamics in Oocytes
M Almonacid, A Al Jord, S El-Hayek, A Othmani, F Coulpier, S Lemoine, K Miyamoto, R Grosse, C Klein, T Piolot, P Mailly, R Voituriez, A Genovesio, M-H Verlhac
2019, Developmental Cell

PySpacell : A Python Package for Spatial Analysis of Cell Images.
F Rose, L Rappez, SH Triana, T Alexandrov, A Genovesio
2019, Cytometry Part A

Adult Neural Stem Cells and Multiciliated Ependymal Cells Share a Common Lineage Regulated by the Geminin Family Members
Ortiz-Álvarez G*, Daclin M*, Shihavuddin A, Lansade P, Fortoul A, Faucourt M, Clavreul S, Lalioti ME, Taraviras S, Hippenmeyer S, Livet J, Meunier A, Genovesio A, Spassky N
2019 Neuron

ALFA : annotation landscape for aligned reads
M Bahin*, B F Noel*, V Murigneux, C Bernard, L Bastianelli, H Le Hir, A Lebreton, A Genovesio
2019, BMC Genomics

Monitored eCLIP : high accuracy mapping of RNA-protein interactions
R Hocq*, J Paternina*, Q Alasseur, A Genovesio, H Le Hir
2018, Nucleic Acid Research

Ependymal cilia beating induces an actin network to protect centrioles against shear stress
A Mahuzier, A Shihavuddin, C Fournier, P Lansade, M Faucourt, N Menezes, A Meunier, M Garfa-Traoré, M-F Carlier, R Voituriez, A Genovesio, N Spassky, N Delgehyr
2018, Nature Communications

High‐Throughput Optical Mapping of Replicating DNA
F De Carli*, N Menezes*, W Berrabah, V Barbe, A Genovesio, O Hyrien
2018, Small Methods

Smooth 2D manifold extraction from 3D image stack
A Shihavuddin*, S Basu*, E Rexhepaj, F Delestro, N Menezes, SM Sigoillot, E Del Nery, F Selimi, N Spassky, A Genovesio
2017, Nature Communications

Compound Functional Prediction Using Multiple Unrelated Morphological Profiling Assays
F Rose*, S Basu*, E Rexhepaj, A Chauchereau, E Del Nery, A Genovesio
2017, SLAS Technology

Calibrated mitotic oscillator drives motile ciliogenesis
A Al Jord, A Shihavuddin, R Servignat d’Aout, M Faucourt, A Genovesio, A Karaiskou, J Sobczak-Thépot, N Spassky, A Meunier
2017, Science

Detection and tracking of overlapping cell nuclei for large scale mitosis analyses
Y Li*, F Rose*, F di Pietro, X Morin, A Genovesio
2016, BMC bioinformatics

Full list of publications and patents available here




From cell images to information
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