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Vincent Colot

Dynamique des génomes et variation épigénétique (GDEV)

Objectif
Caractériser les processus épigénétiques dépendant de la chromatine, notamment ceux impliqués dans le contrôle de l’activité des éléments transposables, ainsi que leur contribution à la variation phénotypique héritable.

Contexte

La chromatine est une structure dynamique qui contribue à la régulation des différentes activités du génome et module la création des variations phénotypiques observées entre individus. L’identification des mécanismes permettant d’établir, de maintenir -parfois sur de multiples générations- ou d’effacer des états chromatiniens spécifiques est un enjeu fondamental en biologie.

Axes de recherche

Notre équipe étudie la contribution à la variation phénotypique héritable des processus épigénétiques dépendant de la chromatine. Compte-tenu de l’implication des éléments transposables (ET) dans la création d’allèles dits “épimutables” chez les plantes et les mammifères, nos travaux portent principalement sur l’analyse des ETs, de leur distribution le long des génomes, des facteurs contrôlant leur activité et de leurs effets sur les gènes avoisinants. Nous utilisons Arabidopsis et depuis peu la tomate comme modèles expérimentaux. Les résultats majeurs obtenus au cours des dernières années concernent la dynamique de la méthylation des séquences d’ET lors de la reproduction, la transmission héréditaire et les conséquences phénotypiques des variations de méthylation induites expérimentalement au niveau de ces séquences, et enfin le contrôle, l’étendue ainsi que l’impact (épi)mutationnel de la mobilisation des ET.

Chica, C., Louis, A., Roest Crollius, H., Colot, V., and Roudier, F. (2017). Comparative epigenomics in the Brassicaceae reveals two evolutionarily conserved modes of PRC2-mediated gene regulation.Genome Biol 18, 207.

Bouyer, D., Kramdi, A., Kassam, M., Heese, M., Schnittger, A., Roudier, F., and Colot, V. (2017). DNA methylation dynamics during early plant life. Genome Biol 18, 179.

Quadrana, L., and Colot, V. (2016). Plant Transgenerational Epigenetics. Annu Rev Genet 50, 467-491.

Quadrana, L., Bortolini Silveira, A., Mayhew, G.F., LeBlanc, C., Martienssen, R.A., Jeddeloh, J.A., and Colot, V. (2016). The Arabidopsis thaliana mobilome and its impact at the species level. Elife 5.

Willing, E. M., V. Rawat, T. Mandakova, F. Maumus, G. V. James, K. J. Nordstrom, C. Becker, N. Warthmann, C. Chica, B. Szarzynska, M. Zytnicki, M. C. Albani, C. Kiefer, S. Bergonzi, L. Castaings, J. L. Mateos, M. C. Berns, N. Bujdoso, T. Piofczyk, L. de Lorenzo, C. Barrero-Sicilia, I. Mateos, M. Piednoel, J. Hagmann, R. Chen-Min-Tao, R. Iglesias-Fernandez, S. C. Schuster, C. Alonso-Blanco, F. Roudier, P. Carbonero, J. Paz-Ares, S. J. Davis, A. Pecinka, H. Quesneville, V. Colot, M. A. Lysak, D. Weigel, G. Coupland & K. Schneeberger (2015) Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation. Nat Plants, 1, 14023.

Cortijo, S., R. Wardenaar, M. Colome-Tatche, A. Gilly, M. Etcheverry, K. Labadie, E. Caillieux, F. Hospital, J. M. Aury, P. Wincker, F. Roudier, R. C. Jansen, V. Colot & F. Johannes (2014) Mapping the epigenetic basis of complex traits. Science, 343, 1145-8.