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Auguste Genovesio - équipe en émergence

Pôle scientifique de biologie computationelle

Le projet de recherche de notre équipe est l’étude de la morphologie et la dynamique cellulaire à grande echelle. Nous mettons au point des algorithmes et des outils d’analyse d’images et de grandes données qui trouvent leur applications en genomique fonctionnelle mais aussi en biologie developmentale, en neuroscience et dans la recherche et la comprehension de l’action de composés à visée thérapeutique.

Avec la complexification et l’accroissement de la quantité de données que connaît la recherche en biologie, nous nous intéressons au développement de méthodes spécifiques à l’analyse de certains types de données (image à bas et haut débit, séquençage à haut débit, PCR quantitative) mais également à la perspective de développer des analyses pour croiser ces données de type hétérogène.

Actuellement, nous nous intéressons particulièrement à l’analyse des images issues de cribles à haut contenu et l’analyse de données de nouvelles applications du séquençage de nouvelle génération. L’automatisation de la création et de l’acquisition d’un nombre élevé d’expériences de microscopie parallèles génère une quantité importante d’images (˜200.000) contenant chacune un grand nombre d’objets cellulaire et sub cellulaires (˜100 millions). Nous développons des méthodes pour extraire les objets de ces images et les représenter par un nombre élevé de descripteurs (˜500). Ces valeurs forment des matrices riches en contenu que nous utilisons pour explorer l’impact subtil d’un grand nombre de conditions sur un système biologique donné.

Nous travaillons egalement à l’elaboration de méthodes pour quantifier de larges données provenant d’echantillons de tissue cellulaires et/ou incluant la troisième dimension spatiale et le temps.




From cell images to information
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